Po více než čtyřletém úsilí od zahájení přípravných prací byly završeny práce na záchraně a restaurování varhan v kostele Nejsvětějšího Salvátora.
Vzhledem k tomu, že vlastník kostela a varhan (Arcibiskupství pražské) ani uživatel (Římskokatolická akademická farnost Praha) nedisponovala prostředky na tak rozsáhlé dílo, bylo rozhodnuto o vypracování grantového projektu do programu Finančních mechanizmů EHP/Norsko. Zpracováním projektu byla pověřena agentura Econet (dnes PNO Consultants), podklady připravovali zástupci arcibiskupství i farnosti. První podání do tzv. druhé výzvy nebylo úspěšné.
Pro další výzvu byl projekt přepracován, navíc došlo k dohodě o partnerství s norskými odborníky, organologem Stein Johannes Kolnesem a historikem umění Oddbjørnem Sørmoenem, zastupujícím organizaci norské památkové péče - Direktorát pro kulturní dědictví Norska. Tentokrát byl projekt přijat k financování, navíc jako třetí nejkvalitnější z dané výzvy. Podmínkou financování z Finančních mechanizmů byl 15% podíl státní podpory. Tu nakonec přislíbilo Ministerstvo kultury ČR.
Pro provedení restaurování bylo třeba vybrat firmu, která má zkušenosti s restaurováním nástrojů daného období a provenience. Kritéria byla vzhledem k významu nástroje velmi přísná. Bylo požadováno povolení Ministerstva kultury k restaurování (tzv. licence, u zahraničních firem doložená vzděláním na restaurátorské škole), zkušenost s klínovými měchy jež se měly rekonstruovat, i zkušenost s prvky německého (saského) varhanářství. Vzhledem ke krátkému termínu dokončení, danému podmínkami Finančních mechanizmů EHP/Norsko, bylo požadováno i prokázání dostatečné kapacity restaurátorské dílny (vyjádřené obratem v mil. Kč za poslední roky).
Z tohoto výběrového řízení vzešla vítězně firma Hermann Eule Orgelbau , Bautzen. Jako subdodavatele si přizvala k zakázce zkušenou a renomovanou českou varhanářskou firmu Kánský a Brachtl, pro restaurování skříně ak. mal. Petera Stirbera. Vzhledem ke zmíněné účasti norských odborníků, kteří se podílejí na konzultacích a kontrolních dnech v důležitých fázích restaurování, stal se tento projekt prvním v historii českého varhanního restaurátorství, kde došlo k mezinárodní spolupráci více firem a odborníků. Vzhledem k objemu proinvestované částky (více než 13 milionů korun) se zároveň jedná o jeden z největších takových projektů.
Před zahájením prací i v jejich průběhu probíhal důkladný organologický a restaurátorský průzkum, zároveň byly badatelsky prozkoumány dostupné archivy, aby bylo možno co nejpřesněji stanovit způsob a filosofii restaurování. I přesto zůstává historie varhan obestřena nejasnostmi. Všechny dostupné informace jsou přehledně shrnuty ve Sborníku ke svěcení varhan v článku Roberta Huga a Jiřího Kocourka.
Varhany ve formě, kterou známe dnes, byly postaveny kolem roku 1780, ale stavitel není znám. Použil množství materiálu ze starších varhan ze 17. století. V té době zde stály varhany dvoje, na konci 17. století bylo rozhodnuto o jejich spojení do jednoho nástroje. Po zrušení jezuitského řádu roku 1773 byl do Klementina přesunut Arcibiskupský seminář, což se zdá být impulzem pro postavení současné podoby nástroje. V dalších letech byl nástroj ještě několikrát opravován, jeho podstata byla ale zachována do dnešní doby.
Restaurování probíhalo pod bedlivým dohledem varhanní komise, ve které byli zastoupeni experti a odpovědní zástupci Arcibiskupství pražského, Akademické farnosti, Národního památkového ústavu i zmínění norští partneři. První fází byla demontáž varhan na podzim 2009, od ledna 2010 proběhly kontrolní dny v dílnách restaurátorů v Bautzen i v Krnově. V červenci 2010 se přikročilo k intonačním zkouškám v kostele, při kterých bylo nutno rozhodnout o konečné podobě ladění a tlaku vzduchu. Od října pak byla zahájena opětná montáž a následná intonace varhan, aby se vše dokončilo k termínu 19.2. 2011.
Práce byly provedeny s mimořádnou důkladností, přinesly několik výjimečných rozhodnutí. Především byl potvrzen návrat k původnímu baroknímu ladění na 415 Hz (na rozdíl od běžného 440 Hz), které umožní provozovat hudbu s barokními nástroji, která zde celá léta zněla. Byla provedena rekonstrukce měchové soustavy, navíc doplněná elektronickým systémem, který i při použití ventilátoru řídí funkci měchů tak, aby se přiblížila ručnímu šlapání. Bylo obnoveno několik původních unikátních rejstříků.
Na varhanní skříni byl po sejmutí novodobého fládrového nátěru obnoven jeden z nejstarších dochovaných fládrů, jehož původ je možná společný se stavbou varhan v roce 1780. Byly obnoveny ozdobné kovové řezby, zaniklé při jedné z oprav ve 20.století.
Úspěšně dokončené a převzaté práce byly slavnostně završeny svěcením při nedělní mši svaté dne 20. února 2011, které předsedal Mons. Dominik Duka, arcibiskup pražský a primas český. Slavnosti se účastnil i norský velvyslanec Jens Eikaas, který na závěr přednesl projev. Při svěcení se poprvé v celé kráse rozezvučely obnovené varhany.
Druhý den se v sakristii kostela konala odborná konference o restaurování varhan se souvisejícími příspěvky o barokní hudbě v Čechách i v Klementinu v 18.století.
Celé dílo završil slavnostní koncert, při které zazněly skladby starých mistrů 17. a 18. století v podání varhaníka Roberta Huga i dalších jeho kolegů, za účasti souboru barokní hudby Capella Regia, jehož je R. Hugo uměleckým vedoucím.
Na závěr zbývá vyslovit poděkování všem, kteří měli jakoukoliv účast se na tomto náročném a komplexním díle, a kteří se zasloužili o jeho zdárné dokončení. Ať tyto varhany dlouhá léta znějí ke chvále Boží, a krása hudby až zasahuje srdce všech, kdo do kostela Nejsvětějšího Salvátora přicházejí.